問題二，每日營收匯回總部的結算作業拖沓，影響加盟店經營怎麼辦？
加盟關係是兩個法人間，由合約所建立的商務合作關係，所有權利義務都應回歸合約精神。因著「契約自由」原則，只要雙方合意且沒有違法行為，合約內容雙方都必須遵守。
某連鎖總部，眼見加盟店在地經營收益頗豐，就藉續約要求入股，若加盟者不從即反手提出解約。
其實總部入股盟店合資開店，在加盟關係中並不罕見，唯投資的時點，若在首期合約即進行合資，或有保留投資權益的條款，較無可置喙之處，但若總部是在盟店獲利後才提出投資或收購，且採用強迫中獎方式，並以解約相脅，對加盟關係形成衝擊是可以想見的。
經過前置作業的醞釀，充分溝通協商，兼顧彼此意願，收購或投資的條件也估算了加盟店之前經營的投入，達成合意倒也不難。
曾有幼教連鎖，只要加盟分校獲利，總部就想方設法要求投資，若不從就只有解約一途，幾年下來，反而培養了許多在地的競爭品牌，弄巧成拙、得不償失。
亦有總部為求上市，極大化營收，要求加盟店統一開總部發票，每日營業額也必須匯回總部，定期結算分配毛利，再由加盟店開發票向總部請款，盟店才能支付租金、人事和各項雜費。
如果結算順暢，倒也無可厚非，唯有些總部會出現三缺情況，導致影響加盟店經營：
一、結算作業欠缺標準：各品項毛利不同雖說是事實，但事先沒有公開透明的資訊，事後又沒有計算的明細，毛利不明令加盟者經營陷入險境。
二、時間拖延缺乏效率：營運現金是企業的血液，總部的無效率使得加盟店經常處於失血的狀況，盟店必須籌措較多的周轉金，增加資金成本。
三、巧立名目缺失信任：合作關係建立在信任上，營運現金進行毛利分配應專款專用，不應和各項雜費或罰款混計，使盟店對總部失去信心。
公平會對於加盟業主經營行為案件之處理原則中的揭露要求，明令總部須對加盟店經營前中後期費用，須在簽約十日前完整提供加盟者審閱。營業現金須先匯入總部再行毛利分配，更應避免制度殺人。
畢竟長期的加盟關係，是建立在雙贏、共好之上的，總部必須創造盟店良好的經營環境。